Celem utworzenia sieci Natura 2000 jest zachowanie zarówno zagrożonych wyginięciem siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt w skali Europy, ale też typowych, wciąż jeszcze powszechnie występujących siedlisk przyrodniczych, charakterystycznych dla 9 regionów biogeograficznych (tj. alpejskiego, atlantyckiego, borealnego, kontynentalnego, panońskiego, makaronezyjskiego, śródziemnomorskiego, stepowego i czarnomorskiego). W Polsce występują 2 regiony: kontynentalny (96 % powierzchni kraju) i alpejski (4 % powierzchni kraju). Dla każdego kraju określa się listę referencyjną siedlisk przyrodniczych i gatunków, dla których należy utworzyć obszary Natura 2000 w podziale na regiony biogeograficzne.

Podstawą prawną tworzenia sieci Natura 2000 jest dyrektywa Rady 79/409/EWG z dnia 2 kwietnia 1979 roku w sprawie ochrony dzikich ptaków i dyrektywa Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 roku w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory, które zostały transponowane do polskiego prawa, głównie do ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody.

Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

- obszary specjalnej ochrony ptaków (OSOP),

- specjalne obszary ochrony siedlisk (SOOS).

Na terenie kraju obecnie są wyznaczone 144 obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) i 823 obszary ochrony siedlisk (SOO), w tym 364 obszary mające znaczenie dla Wspólnoty. Pokrywają one prawie 20 proc. powierzchni kraju.

Większość obszarów naturowych powstała na terenach leśnych. Stanowią one 40 proc. gruntów w zarządzie PGL LP, zajmują ponad 2,8 mln ha.

Na terenie Nadleśnictwa Brodnica występują obydwa typy obszarów:

• OSOP Bagienna Dolina Drwęcy, zajmująca 1186,87 ha gruntów nadleśnictwa,
• SOOS Ostoja Lidzbarska, zajmująca obecnie 2005,77 ha gruntów nadleśnictwa,
• SOOS Dolina Drwęcy, zajmująca obecnie 356,21 ha gruntów nadleśnictwa,
• SOOS Ostoja Brodnicka, zajmująca obecnie 1800,08 ha gruntów nadleśnictwa.

Wszystkie wyymienione powyżej obszary Natura 2000 posiadają aktualne plany zadań ochronnych (PZO).